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La seconda stagione vede le guerre dei cloni proseguire senza sosta, con le battaglie che si spostano su nuovi pianeti come Geonosis, Mustafar e Mandalore. Vengono introdotti altri personaggi secondari come l'amica di Ahsoka Barriss Offee, apprendista di Luminara Unduli, il vecchio amico della senatrice Padmé Amidala Rush Clovis, la duchessa Satine di Mandalore e nelle ultime puntate Boba Fett, figlio del cacciatore di taglie Jango Fett. Nelle prime tre puntate Anakin, Obi-Wan e Ahsoka, devono recuperare un olocrone che è stato rubato da Cad Bane per conto di Darth Sidious. Bane ruberà in seguito il cristallo Kyber, contenente la lista di tutti i bambini sensibili alla Forza, ma sarà fermato sul pianeta vulcanico di Mustafar. Su Geonosis il leader separatista Poggle il Minore al sicuro dietro gli scudi deflettori crea nelle sue fonderie migliaia di nuovi micidiali droidi che escono dalle linee di assemblaggio pronti per muovere contro l'esercito dei cloni. I Jedi, decisi a riportare ordine nella Repubblica, organizzano una massiccia invasione per riprendere Geonosis e distruggere le fabbriche una volta per tutte. Nella puntata Il piano Mandalore, Obi-Wan ritrova la sua vecchia fiamma, la duchessa Satine di Mandalore, minacciata da un'organizzazione terroristica nota come la Ronda della Morte, guidata da Pre Vizsla. Nelle ultime puntate, il giovane Boba Fett, infiltrato tra i cloni, si allea con un gruppo di cacciatori di taglie per avere vendetta contro il maestro Jedi Mace Windu che ha ucciso suo padre, Jango, nel film L'attacco dei cloni.