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Fujimoto, un mago/scienziato un tempo umano, vive sott'acqua insieme a sua figlia, Brunilde, e alle sue numerose sorelle più piccole. Mentre lei e i suoi fratelli sono in gita con il loro padre nel suo sottomarino, Brunilde si allontana e galleggia via sul retro di una medusa. Dopo un incontro con un peschereccio, si ritrova sulla riva di una piccola città di pescatori in un barattolo di vetro dove viene salvata da un bambino di cinque anni di nome Sōsuke. Nel rompere il barattolo con una pietra, Sosuke si taglia, ma Brunilde lecca la sua ferita facendola guarire quasi all'istante. Sōsuke la battezza con il nome Ponyo e promette di proteggerla. Nel frattempo, Fujimoto cerca freneticamente la figlia perduta, che crede essere stata rapita. Chiama i suoi spiriti delle onde per recuperarla, spezzando il cuore di Sōsuke.